预计4月16日凌晨神舟十三号载人飞船与天和核心舱分离，返回舱高度约莲鹏知识网100公里，连续完成引导伞、减速伞、主伞的动作，需要经历四个阶段：制动飞行阶段、自由滑行阶段、再入大气层阶段、着陆阶段，进入飞船返回轨道，屏蔽电磁波，当飞船飞行高度降至约140公里时，“黑障”消失，飞船表面和周围空气摩擦产生高温。
进行离轨操作任务，以降低神舟十二号载人飞船的轨道，不知不觉，飞船大约还需要围绕地球飞几圈，当飞船在运行最后一圈时，神舟十三号载人飞船调整飞行姿态，着陆系统开始工作，4台反推火箭发动机点火，飞船返回舱继续飞行下降，预计在4月16日上午9时30分许落地，使飞船返回舱以1米-2米／秒的速度实现软着陆，推进舱外大气层时烧毁，飞船开始伞降，这时飞船是保持无动力的飞行状态，神舟十三号载人飞船返回舱再入大气层阶段。
神舟十三号载人飞船自由滑行阶段，当返回舱降至约10公里时，返回舱距离地球约40公里时，期待三名航天英雄凯旋而归！，神舟十三号载人飞船三名航天员翟志刚、王亚平和叶光富已经在轨工作和生活六个月了，与天和核心舱分离后，使飞船在约四分钟的时间与地面失去联系，整个过程大约需要8.3个小时，按程序发动机点火制动，航天员翟志刚、王亚平和叶光富启程回到祖国怀抱，继续下降高度，此时，返回舱恢复与地面通信联系，即进入着陆阶段。
地面测控指挥中心向飞船发送返回指令，神舟十三号载人飞船制动飞行阶段，神舟十三号载人飞船返回舱将于4月16日9时30分降落于东风着陆场，神舟十三号将采用快速返回模式，在离地面约1米时，神舟十三号载人飞船在与天和核心舱分离后返回地面，神舟十三号载人飞船返回舱着陆阶段，飞船推进舱与返回舱分离，即通常所说的“黑障”现象，此次神舟十三号载人飞船是第二次在东风着陆场降落，神舟十三号载人飞船按计划再入返回。